Fontanilles forma part de la comarca del Baix Empordà, província de Girona. El terme municipal té una extensió de 9 km² i el poble està a 29 m d’altitud.
Els límits del terme municipal són al nord amb Gualta i Torroella de Montgrí, a l’est amb Pals, al sud amb Palau-Sator i Pals i a l’oest amb Ullastret. Té agregat el nucli de Llabià.
